Die im wässrigen Blut unlöslichen Fette (Lipide) werden im Blut zum Transport an Eiweiße gebunden, die Apolipoproteine. Die entstanden Komplexe werden als Lipoproteine bezeichnet. Die einzelnen Apolipoproteine sind dabei in den verschiedenen Lipoproteinen unterschiedlich stark vertreten.
Diagnostisch relevant sind vor allem Apo AI und Apo B-100. Sie sollen mindestens genauso gut wie das "gute" HDL-Cholesterin, dessen Hauptapolipoprotein das Apo AI ist, sowie das "schlechte" LDL-Cholesterin, dessen wichtigster Eiweißbestandteil das Apo B-100 darstellt, das Herzinfarktrisiko beschreiben.
Apo E ist nicht nur mit Fettstoffwechselstörungen assoziiert, sondern spielt möglicherweise auch bei der Alzheimer-Krankheit eine Rolle
Die Bestimmung von Apo AI und B kann sinnvoll sein zur Klärung einer Fettstoffwechselstörung; sie wird aber nicht routinemäßig bei jedem erhöhten Cholesterinwert durchgeführt. Einhalten einer Nüchternzeit vor der Blutabnahme ist nicht nötig.
Von der Bestimmung des Apo E im Rahmen der Alzheimer-Diagnostik wird derzeit abgeraten.